200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
人类世界之外，藏着神秘而美好的叶罗丽仙境。这里的仙子因自然与人类世界的兴衰而生，也与万物命运相连。当人类世界灾难骤起，风云失色，失衡的力量逐渐波及仙境。危机之中，人类与仙子重新理解彼此，为守护两个世界共同的未来，倾尽所有，并肩而战。
