在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。在首都塔拉古纳，有一群被称之为“宠物”的低等居民。他们被豢养、玩弄，每天都生活在没有尊严的纸醉金迷中。里奇（关俊彦配音）就是其中的一员，但也是特殊的一员，黑发的他属于底层居民，而他金发的主人雷森（盐泽兼人配音）却是朱庇特最喜欢的“孩子”。其实，他们的感情早已远远超出了正常的宠物与主人之间的界限，然而，在朱庇特看来，这样跨越阶级和种族的感情是绝对不允许发生的。这一对禁断的恋人会有一个好的结果吗...
神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑龙族陷入战争的盖亚之所在。肩负着巨大的压力，瞳这才感受到生命的沉重，她同龙族的年轻国王邦（关智一 配音）并肩作战，誓要保护盖亚这片纯洁的土地。
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拉梅塔尔星球 (LaMetal) 开始了一场与地球的征服战争，唯一能够保护世界免受这场威胁的人是千禧女王 (Queen Millennia)，她是拉梅塔尔 (La-Metal) 的前公主，并将地球作为自己的家园。
