本剧改编自同名漫画，讲述了因长着娃娃脸而自卑的大学生·樱庭唯纯被误认为未成年人，被警察天泽教育。唯纯给天泽看了学生证，才得以幸免，但后来在打工的便利店与天泽再次相遇。刚到附近派出所赴任的天泽成了便利店的常客，每次见到唯纯都会问他要不要吃夜宵……。对于这种亲昵的态度，唯纯一边觉得他“真是个混蛋”，一边担心他的饮食生活，不由得说“我去做饭给你吃吧？”为了亲自下厨而去了天泽的家——！？
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
周游神户港的游览船突然发生爆炸，犯罪者以船上的乘客作为人质，向该船的所属公司“黑泽兴产”勒索两亿日元。偶然在场的警视厅月岛署刑警系村（上川隆也），以不经意间发现的一张纸片为线索介入了这起事件。
