阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮亚控制，带走了。阿卫因为失去本性，不再爱阿兔，令他们的爱情结晶豆钉兔也慢慢消失。本来要变成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿卫和豆钉兔心切，竟能独自变成Eternal Sailormoon，自己一个去纳美妮亚那里救人。其他战士也跟著追去，其间被纳美妮亚把她们分开，各个击破，封印在镜中。阿兔终於找到纳美妮亚和迷迷糊糊的阿卫，SuperSailorChibimoon就在阿兔的怀内消失。纳美妮亚诉说自己悲惨的过去，阿兔听了，只感到同情、可怜她，不再憎恨她，愿意让她报复，阿兔相信眾人都会愿意和纳美妮亚做朋友的。被封印的眾战士和阿卫都感动落泪，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重现世上。眾战士集合力量，阿兔变成Eternal Sailormoon，引导纳美妮亚找回她真正的梦想。
400年前――魔法士ラナクの裏切りにより魔力を暴走させ、 魔法大国トゥルダールを一夜にして滅ぼしたティナーシャ。 その忌まわしい過去はオスカーによって改変され、 世界は“青き月の魔女”が存在することのない新たな時を刻み始めた。 ティナーシャはトゥルダールの女王に即位し、やがて長い眠りにつく。 すべての苦しみから自身を救い、愛を告げて消滅していったオスカーと 遠い未来で再び出会うために……。 そして、400年後――書き換えられた世界のオスカーがトゥルダールを訪れる。 目覚めたティナーシャとの間に、共に過ごしてきた思い出は何ひとつない。 消え去った世界で結ばれたことさえ知らぬ二人は、 ここからどんな物語を紡いでいくのか――。
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
丝碧卡?瓦戈的目标是考上「戴安娜魔术学校」，成为一等魔术师。但却一直无法成功使用魔法飞行。某一天她遇到了一只会讲人话的黑猫，没想到那只黑猫的真实身份竟然是失踪的魔术大师克劳德！克劳德为了解开诅咒，必须要借用丝碧卡的魔力。然而目前丝碧卡的魔力还远远不够，因此克劳德便开始教导丝碧卡练习魔法、增强实力，让她朝着成为一等魔术师的目标前进！
