本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护，仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望，掀起了一场灭世激战！其弟岳无病为阻止岳无疾，与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序，历经两百年稳步发展，再度让云月大陆仙道复兴，重回昌盛格局，而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机，也悄然埋藏于大陆之中，为后续剧情埋下伏笔。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
