男子游泳部特别版：各就各位

回过神来，我只身一人站在地平线的中央。 　　环顾身边，没有任何的建筑物和人影。 　　束手无策地踱步之时，突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 　　那是，存在于生与死之间的旅店。 　　为什么无法动弹？ 　　为什么……是我？ 　　――这是赌上性命的第二次比赛。

被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 　　在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 　　在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 　　年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...