在并不遥远的未来，人类文明高度发达，外星殖民不再是幻想。然而相对高度发达的科技，娱乐事业却受到前所未有的压制。艺能活动被认为具有蛊惑和腐蚀人心的恶劣影响而遭到当局禁止。好在渴望娱乐的种子仍在发芽，名为AKB0048的偶像团体志愿为所有蓝花星的人民送去快乐和梦想，她们顶住当局的压力举行非法演唱会，并公开招募第77期研究生。受到偶像感召，本宫凪沙（岩田华怜 配音）、园智惠理（渡边麻友 配音）、蓝田织音（仲谷明香 配音）、横沟真琴（三田麻央 配音）等满怀青春梦想的女孩相继报名。
2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——
高中生活总是「一个人」度过的遥，某天突然与同班同学一起被召唤到异世界。遥回过神来，神明就在面前，还要他在列着各种外挂能力的技能清单中选择喜欢的技能，以便在异世界生存──没想到竟然是先选先赢，外挂技能已经被同班同学拿光了！？ 遥只拿到了卖剩的微妙技能，还因为『边缘人』这项技能的效果而无法组队，连在异世界也只能孤独地冒险。此时，他得知同班同学陷入危机，悄悄决定要救出他们，并朝着不靠外挂却又超越外挂的异端最强之路迈进──最强边缘人的异世界攻略谭，开幕！
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