小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。
这是拜屋京极堂开旧书店之前的故事——。舞台是战后不久的昭和23年的东京。升入新制高中二年级的日下部栞奈，遇到了国语的新任讲师中禅寺秋彦。栞奈的周围接二连三地发生与怪异相关的奇奇怪怪的事件。栞奈今天也在寻求帮助，打开板着脸的中禅寺老师等待的图书准备室的门——。教师与女学生的凹凸组合所带来的学园青春怪异奇谭，就此开幕！
