李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
这是一个邪物逐渐肆虐的世界。然而邪物再强，也都在这个精神病院后销声匿迹，甚至毫无尊严的沦为了食材和宠物。这就是人才辈出、强者环伺的青山精神病院。对此，身负系统的重症患者林凡表示：我绝对不是精神病患者，我是一位喜欢修炼的正常人。平常就是摸摸插座，爬爬高压箱，打雷天站在天台给老天舞个棍法。
《茶啊二中第六季》时间线来到初三，欢乐的校园日常仍在继续，孩子们迎来了老师、家长们更多的“关爱”，也面临着新的成长挑战，这一季中，大家在校园和家庭生活过程中发生的点滴小事里，凝聚了师生情、友情、亲情的力量，展示了一群平凡却又特别的初中生有笑有泪、真挚动人的青春成长故事。
