在一所农村初中，一个男孩和一个女孩互相许下永远的友谊。两人成为了命运的共同体，为了共同的梦想而努力着，但两年过去了，两人的关系却没有任何特别的进展……！尚未经历初恋的开朗少女犬冢阳み，与喜爱花草的少年夏目悠，两人即便到了高二，也依然是最好的朋友，并且一如既往地一起参加只有他们两人加入的园艺部。然而，当 Yuu 与他的初恋重逢时，他们两人之间的关系突然开始变得糟糕起来！陷入爱河的向日葵是否能够摆脱“理想朋友”的身份呢？
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
