《大西南剿匪记》是根据毛泽东特赦的贵州布依族美貌女匪首程莲珍的真实事件改编的。本剧讲述了1950年全国各地解放后，贵州黔东南的土匪依旧占山为王为害百姓，其中以名为郑幺妹的女土匪为首的一伙匪帮，袭击新建的人民政权，杀害无辜乡民，我西南解放大军动用十万兵力对川贵地区进行全面剿匪，土匪帮被大部围歼，郑幺妹潜逃，终被抓获。上报中央后得到毛主席的批示，予以宽大处理。郑幺妹被特赦后感恩戴德，立志洗心革面重新做人，几番上山与残余匪帮谈判促其下山投诚。又带领解放军上山搜剿负隅顽抗的土匪，终于使贵州黔东南一带的土匪被完全剿灭，立功赎罪获得了新生。
该片回顾了300多年前，六世班禅喇嘛不远万里从西藏到北京朝觐乾隆皇帝这一历史事件，再现《钦定藏内善后章程二十九条》、“金瓶掣签”等重大规章制度形成的过程和意义，深刻反映出历史上中央政府对西藏的有效管辖和治理，以及中央政府在藏传佛教大活佛转世认定上的权威。
