发展受阻 第三季

　继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

        这是一只小狮子，踏上成王之路的故事。 在成为草原之王之前，还有许多成长课题等着面对。 准备好，听它发出属于王者的第一声狮吼──ROAR！

　　上午8点，美国情报部门收到消息，今天会有一颗核弹在美国境内爆炸。为了阻止这场恐怖袭击，CTU再次召回了因失去妻子已离开CTU一年之久的杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）。随着调查的不断深入，阴谋的轮廓越来越清晰。原来，为了能挑起战争，恐怖组织伪造了一份录音文件，想借美国的手向录音文件中提到的三个国家发动战争。虽然总统对杰克的调查非常相信，但是只有猜测而无实质证据的情况下，总统也无力阻止这场一触即发的战争。由于总统执意拖延阻止发动攻击，内阁和副总统通过通过宪法暂时剥夺了总统的权力，这下杰克没有了总统的支持，只能孤军奋战。时间一点点的流逝，仅有的时间里杰克能查明真相吗

杰克·穆尼开始在阳光普照的圣玛丽岛定居，他要解决一些无法破解的谜团。一位冠军扑克玩家，在震惊的观众面前被毒死在赌桌上。一位小说家，被谋杀的情节比他写过的任何作品都更令人吃惊。一位精神领袖，在所有嫌疑人都是彼此的不在场证明时被勒死。杰克简洁的风格掩盖了他敏锐的头脑和不屈不挠的决心。他是一名出色的侦探，他需要发挥他所有的本能才能来解决这些令人困惑的谋杀案。

第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。