四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
内详
大战后，秩序未能恢复，世界陷入混乱。混沌从深渊崛起，黑暗如潮水般吞噬大地……缔默完成了命运的蜕变——她不再是被守护的少女，而是手持万灵缔杖的“万灵神女”，以温柔而坚定的力量守护人间与仙境。水帝亦执掌水汐神剑与她并肩而立。二人为寻得封印混沌之法，远赴永恒之城罗马，混沌却已将失去仙力的冰帝和颜狐拖入深渊……千钧一发之际，神秘的塔罗使者出现……另一边，船王因放弃新生而滞留渡灵界，反噬渐重。渡公主为救船王，引诱灵帝坠入渡魂界，偶遇在寒冰牢笼中的仙子，意外在生死冒险中逐步探明混沌的致命弱点……众人能否合力封印混沌，黑暗能否被彻底驱散？爱与信念，能否书写新的神话？
《万古神帝》改编自阅文白金作家飞天鱼的同名小说。 八百年前，张若尘身为明帝独子，天资绝世却遭青梅竹马的池瑶公主斩杀；八百年后，他重生在云武郡国的废柴九王子“张若尘”体内，这具身体体弱多病、毫无灵力，与母亲林妃在郡王府备受欺凌。觉醒记忆后，张若尘立誓向已是昆仑界主宰的池瑶女皇复仇，同时守护给予他母爱的林妃。他觉醒时空神武印记，凭前世经验和努力快速成长，岁末考核夺冠后，历经武市斗场厮杀、地府门截杀，进入武市学宫深造。
本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护，仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望，掀起了一场灭世激战！其弟岳无病为阻止岳无疾，与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序，历经两百年稳步发展，再度让云月大陆仙道复兴，重回昌盛格局，而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机，也悄然埋藏于大陆之中，为后续剧情埋下伏笔。
