200年前,超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽,人类发明了超元卡装置,将怪兽封印在超元卡中,结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年,但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天,他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡,希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样,云天告别了父母,踏上旅程
继萌宝战警第二季之后,宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败,萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物,这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰,同时也回归到了适合的生存环境,它们将于人类和谐共处。