乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
