“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
这是拜屋京极堂开旧书店之前的故事——。舞台是战后不久的昭和23年的东京。升入新制高中二年级的日下部栞奈，遇到了国语的新任讲师中禅寺秋彦。栞奈的周围接二连三地发生与怪异相关的奇奇怪怪的事件。栞奈今天也在寻求帮助，打开板着脸的中禅寺老师等待的图书准备室的门——。教师与女学生的凹凸组合所带来的学园青春怪异奇谭，就此开幕！
