“我们永远都是好朋友啊”在那个懵懂的夏末，隼人（土岐隼一 配音）与最重要的哥们许下了约定。七年后，当隼人转学到都市高中时，重逢的青梅竹马春希（长谷川育美 配音）竟出落成清纯可人的美少女。被称作高岭之花的春希，在和隼人独处时就会用从前的亲昵方式对他展露笑颜。乡村与都市，少年与少女，成长的心灵与身体，纵然分离的时光改变了些什么，但始终不变的思念与约定依然存在。
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
みつけた、熱くなれるもの（魔法少女）をー 祖父のもとを訪れた地図子は、街を守る魔法少女?ベリーブロッサムと出会い、たちまち夢中に。 しかし、敵対する悪の組織「フォッサマグナ」総帥?クロマの攻撃があまりにもパッとせず、２人の戦いは見応えゼロ。もっと、ベリーの活躍を愛でたい地図子はモヤモヤを募らせていく???。 「魔法少女をもっと輝かせたい???強いてくれ、苦戦を！」 その欲望（？）が、内気な少女を悪の路に導いてゆく―。
