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「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 　　1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 　　太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 　　学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。 　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 　　「想星合体！　GO、アクエリオン！」 　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 　　宿命を背負った少年少女は、 　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...

未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。

偶像组合“B-PROJECT”随着第二届JAPAN Dome live的成功，对于业内主要唱片公司犍陀罗音乐来说，变革的时刻已经到来。主角墨空翼担任 A&R。除了《Kitakore》、《THRIVE》、《MooNs》和《KiLLER KiNG》他还将负责新流派艺术家“Ultraz”。由于 B-PROJECT 和 Ultras 的相遇所产生的协同作用一场激动人心、充满激情的“爱情召唤”正在响起——！