终有一天会成为最强的炼金术师？

故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 　　在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 　　在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 　　年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...

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回过神来，我只身一人站在地平线的中央。 　　环顾身边，没有任何的建筑物和人影。 　　束手无策地踱步之时，突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 　　那是，存在于生与死之间的旅店。 　　为什么无法动弹？ 　　为什么……是我？ 　　――这是赌上性命的第二次比赛。

动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……

400年前――魔法士ラナクの裏切りにより魔力を暴走させ、 　　魔法大国トゥルダールを一夜にして滅ぼしたティナーシャ。 　　その忌まわしい過去はオスカーによって改変され、 　　世界は“青き月の魔女”が存在することのない新たな時を刻み始めた。 　　ティナーシャはトゥルダールの女王に即位し、やがて長い眠りにつく。 　　すべての苦しみから自身を救い、愛を告げて消滅していったオスカーと 　　遠い未来で再び出会うために……。 　　そして、400年後――書き換えられた世界のオスカーがトゥルダールを訪れる。 　　目覚めたティナーシャとの間に、共に過ごしてきた思い出は何ひとつない。 　　消え去った世界で結ばれたことさえ知らぬ二人は、 　　ここからどんな物語を紡いでいくのか――。