故事发生在遥远的1500年前，沃提根（裘德·洛 Jude Law 饰）背叛了自己的哥哥尤瑟王（艾瑞克·巴纳 Eric Bana 饰），导致了人类和巫师之间维系了百年的平衡被打破。幸运的是，尤瑟王唯一的后裔逃过了一劫，这令他的血脉并不至于就此断绝。
异星球因为文明衰落，导致战争不断，客族大将异客率领部下准备推翻波伊夫人的统治，但无奈没有五行珠一时还攻陷不下，于是借来凤凰之力，准备给波伊夫人致命一击，就在异客将军快要攻陷波伊族皇宫时，波伊夫人将公主新月雅和新月冰送到地球，并把拥有无限力量的五行珠交予新月雅，期望她们能快速学习地球文明来复兴异星衰落的文明。
2018年，天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况，反抗军精神领袖约翰·康纳（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路，而天网系统适时推出了新的目标排名，康纳位居次席，榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫 然在列。与此同时，一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯（萨姆·沃辛顿 Sam Worthington 饰）出现在洛杉矶的废墟中，他与反抗军战士瑞斯偶然结识，并组队前往反抗军总部，不料途中遭机械人袭击，瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路，迎来了与康纳命中注定的相遇，但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人……
