攻壳机动队：崛起3

这是拜屋京极堂开旧书店之前的故事——。舞台是战后不久的昭和23年的东京。升入新制高中二年级的日下部栞奈，遇到了国语的新任讲师中禅寺秋彦。栞奈的周围接二连三地发生与怪异相关的奇奇怪怪的事件。栞奈今天也在寻求帮助，打开板着脸的中禅寺老师等待的图书准备室的门——。教师与女学生的凹凸组合所带来的学园青春怪异奇谭，就此开幕！

故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒

東京奪還編、開戦。 　　謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 　　日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 　　彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 　　そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。

学业优秀的高中二年级学生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成员，童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”，但在一次事故中，少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。这起事件给了良太沉重的打击与创伤，因此他才希望代替黑猫仰望星空，找到传说中的外星人。这一天，美丽女孩黑羽宁子（种田梨沙 配音）转到良太的班级，他惊讶地发现，黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩，她不会九九乘法，却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太，并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太，宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太，还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界……

御苑生奈奈子进入名校青兰女子学园开始了她的高中生涯，在那里她遇到了学校的风云人物折原熏和朝霞丽并与之成为好友。不知为何，全校少女向往进入的“女青社”社长一之宫露子对奈奈子多加照顾，盛邀她成为“女青社”的一员，这同时也激起了众人的嫉妒。丽的痛楚、熏的苦笑还有露子那捉摸不定的态度，一切都源于奈奈子给哥哥的信。